BioAtlanSTIC II

Contribution à la vérification formelle de propriétés dans les systèmes de régulation biologique
BioAtlanSTIC II

Du 28 mars 2008 au 31 mars 2009

Partenaires

Présentation

La dernière décennie a vu avec succès l'émergence de la modélisation du comportement des réseaux biologiques macro-moléculaires. Les méthodes qualitatives sont notamment aujourd'hui bien adaptées pour raisonner sur les systèmes biologiques modélisés, et ce malgré le manque de données quantitatives. Elles consistent à modéliser sous forme d’un système de transitions dont le comportement global est qualitativement cohérent avec les expériences biologiques. L’analyse du fonctionnement des systèmes ainsi obtenus permet de contrôler certains paramètres. L'objectif de ce projet est donc de proposer de telles démarches de modélisation et d’analyse des réseaux de régulation de gènes qui intègrent des paramètres quantitatifs, le temps ou la concentration de certaines protéines.

Principaux résultats

Nous avons développé des modélisations probabilistes d'une part (à base de chaînes de Markov pondérées), des modélisations temporelles à base d'automates hybrides et des modélisations quantitatives à base de pi-calcul stochastique. Chaque modélisation permet d'adresser une classe de problème biologique. Nous avons également développé des méthodes de vérification de propriétés pour chacune de ces modélisations. Notre démarche est particulièrement adaptée au problème fondamental en biologie qui est l’analyse des réseaux de très grande taille (a priori souvent exponentielle en nombre de gènes).